软件学报

作者：陶斯涵,丁彦蕊

单位：陶斯涵，江苏省媒体设计与软件技术重点实验室(江南大学), 江苏 无锡 21412211,丁彦蕊，江苏省媒体设计与软件技术重点实验室(江南大学), 江苏 无锡 214122;工业生物技术教育部重点实验室(江南大学), 江苏 无锡 21412202

关键词：残基相互作用网络比对;序列信息;网络拓扑信息;残基匹配度;蛋白质热稳定性

基金：国家自然科学基金（21541006）；留学回国人员科研启动基金

残基相互作用网络比对，对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上，将蛋白质的序列信息（即残基匹配度）引入到其优化函数中，确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度，提出适合于残基相互作用网络比对的SI-MAGNA算法.实验结果表明，SI-MAGNA算法比现有的基于网络拓扑信息的经典比对方法（GRAAL、MI-GRAAL、MAGNA和CytoGEDEVO）具有更高的边正确性（edge correctness，简称EC）.最后，使用SI-MAGNA算法对来自不同耐热温度的生物的同源蛋白质进行网络比对和分析，探索蛋白质结构对其热稳定性的影响.

来源：2019年第11期

《软件学报》期刊编辑部

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